El Sistema de Aseguramiento de la Calidad de la Educación (SAC) se organiza de acuerdo a una estructura a nivel central y a nivel regional. Para su gobernanza se ha definido una Secretaría Ejecutiva del Sistema Nacional de Aseguramiento de la Calidad de la Educación Parvularia, Básica y Media, que depende jerárquica y funcionalmente de la Subsecretaría de Educación y su objetivo será coordinar las distintas instancias, acciones y coordinaciones del Sistema, para que este funcione y responda al propósito para el que fue creado.
En esta gobernanza se establece la existencia de un Comité de Coordinación encargado de la toma de decisiones estratégicas para la adecuada implementación del SAC, que será presidido por el Ministro de Educación e integrado, además, por el Superintendente de Educación y el Secretario Ejecutivo de la Agencia de la Calidad de la Educación o, en cada caso, por las personas que ellos designen.
Para una coordinación eficaz y efectiva de las acciones del Plan, se ha creado un Equipo Técnico coordinado por el/la Secretario Ejecutivo del SAC, que sesionará semanalmente para distribuir la gestión de los compromisos y definiciones tomadas en el Comité de Coordinación del SAC.
En las regiones, se constituyen las Mesas Regionales SAC o Comités SAC Regionales, que son las instancias de coordinación territorial de implementación del Plan del Sistema de Aseguramiento de la Calidad, así como de coordinación y articulación de las acciones de las instituciones del SAC en la región. Cada región definirá un plan de trabajo anual en concordancia con el Plan de Aseguramiento de la Calidad de la Educación y serán responsables de su fiel cumplimiento.